Sa désaffection pour les idéologies panarabistes. Habib Bourguiba ne l'a mise de côté qu'une fois. Le Combattant suprême se laissa convaincre par Mouammar Kadhafi de signer. en 1974, un traité d'union tuniso-libyenne.
Le Premier ministre tunisien d'alors, Hedi Nouira, qui se trouvait en visite officielle en Iran, n'en avait pas été averti, pas plus que l'épouse du président, Wassila Bourguiba – très influente dans les affaires du Palais –, alors en voyage au Koweït. Tout fut rapidement remis en ordre, mais l'affaire laissa des traces malgré tout.
Dès lors, on commença à soupçonner un affaiblissement des capacités mentales du dirigeant tunisien. La tragique incapacité du président de la Tunisie indépendante fut constatée.
Treize ans plus tard, par ses propres médecins. Ce constat médical entraîna la succession constitutionnelle de Bourguiba par son Premier ministre de l'époque.
Zine el-Abidine ben Ali. ( PRESIDENT ACTUEL)
Pendant les dernières années du règne de Bourguiba, une cour de conseillers, installée dans le Palais de Carthage, essaya de tirer le maximum de profit d'un pouvoir qui se trouvait désormais exercé en coulisses et qui était l'objet de diverses rumeurs.
Malgré sa clairvoyance politique, le développement économique, sous le règne de Bourguiba, ne fut pas une grande réussite.
En effet, il autorisa pendant les années 60 son ministre de l'Économie, Ahmed ben Salah. à prendre exemple sur le modèle de la Suède. Mais il devint rapidement évident que l'expérience « collective » tentée n'était pas adéquate, puisqu'elle provoqua une insurrection populaire.